インボイス2割特例の終了と法人成り｜2026年9月の判断軸と3割特例の使い方

 

インボイス「2割特例」が終わる日｜2026年9月30日を含む課税期間が最終

インボイス制度の導入時に経過措置として設けられた「2割特例」は、2026年9月30日を含む課税期間が適用最終回です。2割特例は、免税事業者からインボイス発行事業者になった人を対象に、消費税の納付額を「売上にかかる消費税の2割」で計算できる仕組みで、納税負担を大幅に軽くする効果がありました。

ここで決算月ごとの最終課税期間を整理します。個人事業主は課税期間が1月1日から12月31日なので、2026年1月1日〜12月31日の課税期間が最終となり、2027年3月15日までの確定申告まで2割特例が使えます。3月決算法人は2026年4月1日〜2027年3月31日が最終で、2027年5月末日が申告期限です。9月決算法人は2025年10月1日〜2026年9月30日が最終で、2026年11月末申告。12月決算法人は2026年1月1日〜2026年12月31日が最終となります。決算月で最終回の到来タイミングが半年以上ずれるため、自分の決算月を起点に逆算して準備を始めることが大事です（国税庁・インボイス制度2割特例の概要）。

2026年に入ってから、特に建設業の個人事業主の方から「2割特例が終わったら税負担が3〜4倍になる」という相談が増えています。2割特例の効果を金額イメージで掴むと、年商800万円・課税売上700万円（消費税抜き）の個人事業主の場合、売上消費税70万円に対し納付は14万円（70万円×2割）で済んでいました。本則課税に戻ると、仕入や経費に係る消費税分は差し引けますが、それでも納付は30万〜45万円程度に増えるケースが一般的です。年間20万円超の追加納税が見込まれる事業者は、2割特例終了を起点に消費税対策を考える価値があります。

 

2026年度税制改正で新設された「3割特例」｜個人事業主限定の2年間経過措置

2026年度税制改正で、2割特例終了に合わせて個人事業主限定の「3割特例」が創設されました。3割特例は、売上消費税の3割を納付額とできる経過措置で、令和9年分（2027年）・令和10年分（2028年）の2年間が適用期間です。対象は基準期間（前々年）の課税売上が1,000万円以下の個人事業主で、事前の届出は不要、確定申告書に3割特例を適用する旨を付記するだけで使えます（参考：国税庁・3割特例の創設（PDF））。

3割特例の対象は法人ではなく個人事業主に限定されます。これは法人化（マイクロ法人を含む）による2割特例の活用を防ぐ目的で、個人事業主の急激な負担増を緩和する一方、法人成りした事業者は本則課税または簡易課税で計算することになります。

3割特例を使った場合の納税額は、年商800万円・課税売上700万円なら売上消費税70万円×3割で21万円。2割特例時代の14万円から7万円程度の負担増にとどまるため、本則課税に戻る場合（30万〜45万円）と比べると緩やかな移行が可能です。

ただし注意点があります。3割特例は2027年・2028年の2年間のみの暫定措置で、2029年からは本則課税または簡易課税の選択が必須です。2026年中の決断を「3割特例で2年延命」とすると、2028年末までに本則課税または簡易課税への切替準備が改めて必要になります。先送りはできても永続的な解にはなりません。

 

法人成りで2年免税のメリットを得るための条件

法人成り（個人事業主から法人への組織変更）の最大のメリットの一つは、設立から最大2年間の消費税免税です。ただし、近年は要件が複雑化しており、安易に「法人化＝2年免税」とは言えなくなっています。

設立1期目に免税事業者となれる条件は、資本金1,000万円未満（特定新規設立法人に該当しない）で、かつ基準期間がない（新設法人）こと。設立2期目に免税事業者となれる条件は、特定期間（前期の上半期6か月）の課税売上が1,000万円以下、または特定期間の給与等支払額が1,000万円以下のいずれかを満たすことです。

ここで重要なのは「インボイス登録」との関係です。インボイス発行事業者として登録すると、免税事業者であっても課税事業者扱いになり、2年免税のメリットは消滅します。法人成り後にインボイス登録するか・しないかで、消費税の納税負担が大きく変わります。

弊社の関与先で、美容業のA様は取引先がほぼBtoCだったため法人成り後にインボイス登録を見送り、設立2年間の消費税負担をゼロに抑えました。法人成り＋インボイス登録「しない」が成立するのは、取引先の構成によります。BtoC（一般消費者向け）の取引が中心、または取引先が免税事業者・簡易課税事業者である場合は、自社がインボイス登録していなくても取引に影響しません。一方、BtoBで大手企業との取引が中心の場合、インボイス番号の提示を求められる場面が多く、登録しないという選択は事実上難しくなります。

インボイスの仕入税額控除の経過措置にも触れておくと、免税事業者からの仕入は、2026年9月30日までに行ったものは80%、2026年10月1日から2029年9月30日までに行ったものは50%、2029年10月以後は控除できません。課税期間ではなく、仕入を行った日で切り替わります。インボイス登録しない法人は、得意先側で経過措置の控除率が下がるたびに価格交渉・取引解消のリスクが高まることを覚悟する必要があります。

 

4つの選択肢の判断軸｜売上・利益・取引先・社会保険から判定する

2割特例終了後の選択肢は4つに整理できます。①個人事業のまま3割特例を使う、②個人事業のまま簡易課税に切替える、③個人事業のまま本則課税で正面突破、④法人成りする。それぞれの判断軸を整理します。なお、消費税の特例とは別に「年収・売上の目安」だけで法人成りを判断する考え方は個人事業主から法人化するタイミング、会社設立の目安は？売上や所得がいくら以上になったら？で別途解説しています。

①3割特例（個人事業主限定・2年間）：年商500万〜1,000万円程度で、2027〜2028年の2年間で本則課税への移行準備を進める個人事業主向け。2029年からは本則課税か簡易課税に切り替わるため、根本解決にはならないが、急激な負担増を避けたい場合の選択肢。

②簡易課税（個人・法人どちらも）：基準期間の課税売上が5,000万円以下で、消費税簡易課税制度選択届出書を適用前事業年度開始日までに提出すれば適用可。みなし仕入率は卸売業90%・小売業80%・製造業70%・サービス業50%・不動産業40%・その他60%。実際の仕入率より高ければ簡易課税の方が有利。

③本則課税（個人・法人どちらも）：消費税の原則的な計算方法。実際の仕入・経費にかかる消費税を全額控除できるため、設備投資が多い年・原価率が高い業種は本則課税の方が有利。電子帳簿保存法・適格請求書の保存などの実務負担が大きい。

④法人成り（インボイス登録の有無を選択）：資本金1,000万円未満で法人成りすると、インボイス登録しなければ2年間消費税免税。利益が安定して800万円超なら所得税率（住民税込み最大55%）と法人実効税率（約23〜34%）の差で法人有利。家族役員報酬の分散・退職金活用・社会保険加入のメリットも勘案。

判断の優先順位は次の通りです。利益800万円超または売上3,000万円超なら法人成りを検討、利益500万〜800万円なら簡易課税か3割特例、利益500万円以下なら3割特例で2年様子見が現実的です。

 

滋賀県内の起業家がよく迷うケース｜法人成りのタイミング相談

滋賀県では2024年の新設法人数が1,039社で4年連続1,000社超の起業件数を維持しています。大津市299社・草津市117社の2市で県全体の約4割を占め、JR沿線・湖南エリアでの起業が活発です（帝国データバンク「2024年滋賀県新設法人動向調査」より）。

弊社が受ける相談で特に多いのは次の3パターンです。1つ目はフリーランスエンジニア・コンサルタント（年商600万〜1,200万円・利益率70%超）の法人成り相談。利益500万円超の段階で所得税率の累進負担が重くなり、法人成りで給与所得控除＋退職金活用のメリットを取りたいという動機が中心です。

2つ目は建設一人親方・個人大工（年商800万〜1,800万円）の法人成り相談。取引先のゼネコン・元請けからインボイス番号の提示を求められる場面が多く、設立後すぐにインボイス登録するため2年免税のメリットは取れませんが、外注費の取扱い・社会保険加入・賃上げ促進税制の活用で法人化を選ぶケースが増えています。

2025年に大津市の建設業（年商1,200万円）のクライアントが法人成りし、設立時にインボイス登録を見送ったことで2027年9月までの2年間で約60万円の消費税負担減を実現しました。3つ目は美容師・ネイリスト・整体師（年商500万〜900万円）の法人成り相談。BtoC中心で取引先からのインボイス要請がなく、法人成り＋インボイス登録「しない」の組み合わせで2年免税フル活用を狙う相談が増えています。設立後に経理・記帳を税理士に依頼するパターンが多く、設立支援と経理代行をセットで提案するケースが定番です。設立後の経理体制で不安がある場合は、税理士法人GrowUpの経理代行サービス も併せて検討してください。

 

まとめ

インボイス2割特例は2026年9月30日を含む課税期間が最終で、決算月によって最終回の到来は半年以上ずれます。個人事業主には2027〜2028年の2年間、3割特例という新しい経過措置が用意されたものの、根本的な解決にはならず2029年以降は本則課税か簡易課税の選択が必要です。法人成りは2年免税のメリットがあるものの、インボイス登録の有無で実態が変わるため、取引先構成（BtoB／BtoC比率）・年商・利益率・社会保険負担などを総合的に判断する必要があります。判断の目安は、利益800万円超または売上3,000万円超で法人成り、利益500万〜800万円で簡易課税か3割特例、利益500万円以下で3割特例による2年様子見が現実的なラインです。決算月の到来と消費税の届出書提出期限が連動するため、最終課税期間の半年前には判断を済ませて準備を始めてください。